Jaderné zkoušky v Tichomoří přinesly své ovoce. Z hlubin oceánu se vynořila Godzilla, zmutované monstrum gigantických rozměrů, a hodlá změnit New York v hromadu sutin. Armáda je bezmocná a záchrana lidstva nakonec spočine na bedrech mladého vědce Nicka Tatopoulouse (Matthew Broderick), který dávno varoval před podobným nebezpečím. Spolu s televizní reportérkou (Maria Pitilllo), kameramanem (Hank Azaria), francouzským vyšetřovatelem (Jean Reno) a s podporou americké armády se Nick pouští do boje. Času není nazbyt, protože Godzilla nejen že ničí vše, co jí přijde do cesty, ale také hrozí, že by mohla přivést na svět své potomstvo. A to by byl konec lidské civilizace.